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國際上首個橡膠草高密度SNP遺傳圖譜構建

發(fā)布時間:2023-03-09 10:38:25   人瀏覽 來源: 橡膠技術網

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天然橡膠是世界四大工業(yè)原料之一,巴西三葉橡膠樹一直是天然橡膠的主要來源,但由于種植面積限制、生產成本增加、遺傳背景狹窄和病蟲害嚴重等因素,橡膠生產逐漸難以滿足需求。因此,開發(fā)生產天然橡膠的替代資源具有重要的戰(zhàn)略意義和經濟價值。

橡膠草又稱俄羅斯蒲公英,其根部橡膠含量高,品質優(yōu)良,是近年來備受關注的重要產膠作物之一。目前,我國橡膠草種質較少且橡膠草種質的含膠量普遍較低,不能滿足橡膠草產業(yè)化發(fā)展要求。因此,篩選和創(chuàng)制高含膠量橡膠草是目前主要的育種目標。

近日,中國熱帶農業(yè)科學院橡膠研究所(以下簡稱中國熱科院橡膠所)在橡膠草遺傳圖譜構建和含膠量QTL發(fā)掘方面取得重要進展,通過全基因組重測序技術構建了國際上首個橡膠草高密度SNP(單核苷酸多態(tài)性)遺傳圖譜,并結合作圖群體的含膠量數(shù)據(jù),定位了6個含膠量相關QTL(數(shù)量性狀位點)。該研究為橡膠草含膠量相關分子標記的開發(fā)、分子標記輔助育種和功能基因圖位克隆提供了信息基礎和技術支持。相關研究成果發(fā)表于BMC Genomics。

研究團隊以兩個含膠量差異大的橡膠草株系雜交構建的F1代群體作為作圖群體,利用“雙假測交”策略采用全基因組重測序技術開發(fā)SNP標記,基于橡膠草染色體水平上的全基因組信息,成功構建國內外第一個橡膠草高密度SNP遺傳圖譜。該遺傳圖譜由12680個bin構建的9個連鎖群組成,包含322,439個SNP。遺傳圖譜的總遺傳距離為34,220.75 cM,平均遺傳距離2.70 cM。結合 F1代作圖群體的含膠量數(shù)據(jù),利用復合區(qū)間作圖法共檢測到6個含膠量相關QTL。其中,在 LG06/ChrA06 (第6號連鎖群/第6號染色體)上,具有2個最高LOD (Logarithm of odds)值的QTL彼此接近,解釋了表型貢獻率的48.27%,表明其可能是影響橡膠草含膠量的主要區(qū)域,并對該區(qū)域包含的基因也進行了初步分析。

中國熱科院橡膠所副研究員楊玉雙為論文第一作者,研究員劉實忠為論文通訊作者。該項研究得到國家自然科學基金和所基本科研業(yè)務費等項目資助。



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